EuroCC, EuroHPC Ortak Girişimi projesi olarak katılımcı ülkelerde YBH alanında ulusal yetkinlik merkezleri (NCC- National Competence Center) kurulmasını desteklemektedir. Bu sunumda EuroCC projesi ve çalışmaları anlatılacaktır.
Konuşmacı: Dr. Burcu Ortakaya, TÜBİTAK ULAKBİM TRUBA Grubunda Başuzman Araştırmacı olarak çalışmaktadır. e-Altyapılarda yönetim, politika ve işbirliği alanlarında...
Sıfırdan yeni ilaçlar geliştirmek uzun zaman alan oldukça maliyetli bir süreçtir ve bu nedenle özellikle pandemi koşullarında küresel zorluklarla başa çıkmak için pratik değildir.İlaçyeniden konumlandırma(drug repositioning) yaklaşımı yeni bir ilacın sıfırdan geliştirilmesi maliyetlerini ve ilaç geliştirme süresini önemli ölçüde azaltmaktadır.(1)Klinikte kullanılan ruhsatlı...
Antibiyotik direnci bakteride rasgele ortaya çıkan ve görece “masum” diyebileceğimiz bir varyantın ilaç ortamında yabanıl tipe göre az miktarda daha dayanıklı olmasıyla ortaya çıkar. Bunu takip eden ek mutantlar direnci sabitleyerek, hiçbir ilacın engelleyemeyeceği geri dönülmez bir yola sokar. Bu tür mutantların ortaya çıkışını baştan engellemek, ilaçların kullanım dışı kalmalarını önlemekte...
Hesaplamalı kimya metotlarının kullanımı modern akılcı ilaç tasarımının vaz geçilmez bir parçasıdır. Bu alanda başarıyla kullanılan birçok farklı yöntem, yazılım ve yaklaşımdan bahsetmek mümkündür. Yaklaşımlar farklılaşsa da hesaplamalı kimyagerlerin ilaç tasarımda araştırdığı üç temel unsur vardır: 1. ilacın hedefle etkileşimleri, 2. ilacın çevresiyle etkileşimleri, 3. ilacın izole ortamda...
Yaşam, biyomoleküllerin nano düzeydeki etkileşmeleri sonucunda ortaya çıkmıştır. Biyomoleküler etkileşimlerin nano (atomistik) düzeyde anlaşılması ile bir hastalık oluşurken nelerin yanlış gittiğinden, o hastalığı tedavi etmek için hangi ilaçların geliştirilmesi gerektiğine kadar kapsamlı bilgiler elde edilebilmektedir. Bu kavrayış, yapısal biyoloji ana bilim dalının doğmasına ve hızla...
Etkin ilaç tasarımı için öncelikle tasarlanacak ilacın, proteinin hangi yapısına ve bu yapının neresine ne şekilde bağlanması gerektiği bilinmelidir. Dolayısıyla, proteinin işlevini gerçekleştirirken aldığı yapılar, bu yapıların özellikleri ve yapılar arası geçiş mekanizmaları bilinmelidir. İlaç hedefi olan (veya olabilecek) proteinlerin işlevlerini gerçekleştirirken aldıkları yapılar hakkında...
Yeni teknolojilerin ve işlemsel (computational) yöntemlerin devreye girmesi ile ilaç keşfinde yeni fırsatlar ortaya çıkmıştır. İlaç keşfi işlem hattının (drug discovery pipeline) başlangıcında belirlenen bir hedef hücresel işlev veya hadef protein için bileşiklerin bilgisayar yardımı ile sanal taramaya (virtual screening) tabi tutulması artık yaygın olarak kullanılan bir adımdır. Sanal tarama...
Mevcut büyük ölçekli biyolojik ve biyomedikal verinin sistemik analizi hem kompleks hastalıklara hem de COVID-19 gibi hızla yayılan salgın hastalıklara karşı yeni ve etkili tedavi yaklaşımları geliştirmek için kritik öneme sahiptir. Bu konuşmada, araştırma ortaklarımız ile beraber biyoenformatik ve kemoenformatik alanları çerçevesinde gerçekleştirdiğimiz projelerden bahsedilecektir. Bunlardan...
Exscalate4CoV (E4C) is the public-private consortium backed by the European Commission’s H2020 program. It currently represents the most advanced center of competence aimed at fighting the coronavirus by combining the best supercomputing resources and artificial intelligence with state of the art experimental facilities up through clinical validation.
Advanced CADD, in combination with the...
Sanal Tarama (Virtual Screening, VS) ilaç hedef molekülünün bağlanma bölgesinde yüksek afinite ile bağlanan ligandları belirlemek için küçük molekül kütüphanelerini tarayan bir bilgisayar destekli ilaç geliştirme metodur. İlerleyen yazılım ve in-siliko afinite hesaplama teknolojileri çerçevesinde, günümüz VS uygulamaları pahalı HTS (High Throughput Screening) uygulamalarına göre çok daha ucuz...
