Konuşmacılar
Açıklama
Mevcut büyük ölçekli biyolojik ve biyomedikal verinin sistemik analizi hem kompleks hastalıklara hem de COVID-19 gibi hızla yayılan salgın hastalıklara karşı yeni ve etkili tedavi yaklaşımları geliştirmek için kritik öneme sahiptir. Bu konuşmada, araştırma ortaklarımız ile beraber biyoenformatik ve kemoenformatik alanları çerçevesinde gerçekleştirdiğimiz projelerden bahsedilecektir. Bunlardan ilki, bilgisayarlı görme ve imaj işleme alanlarında büyük gelişmelere yol açan evrişimsel sinir ağları (bir derin öğrenme algoritması) kullanılarak yeni ilaç adayı moleküller keşfeden yapay zekâ bazlı bir sistem olan “DEEPScreen” olacaktır. İkinci proje ise farklı kaynaklarda dağınık olarak bulunan biyolojik ve biyomedikal verinin otomatik entegrasyonunu ve modern veri güdümlü yaklaşımlar ile temsilini sağlayan “CROssBAR” projesidir. Bu proje kapsamında entegre edilen geniş çaplı veri, çok modlu heterojen bilgi çizgeleri (“knowledge graph”) şeklinde ifade edilmiştir ve çevrim içi ağ bazlı olarak çalışan açık erişim servisi aracılığıyla yaşam bilimleri araştırma topluluğunun kullanımına sunulmuştur. Ayrıca konak-patojen etkileşimleri çerçevesinde COVID-19 moleküler etkileşim bilgi çizgeleri oluşturulmuştur. Bu yoğun şekilde işlenmiş heterojen ağların, özelliklegenler, proteinler, bilinen/tahmin edilen ligandları ve hastalıklarla ilgili biyolojik mekanizmalara ilişkin olarak sistem düzeyindeki araştırmalara yardımcı olması beklenmektedir (CROssBAR çevrim içi ağ servisi: https://crossbar.kansil.org).
Konuşmacı: Doç. Dr. Tunca Doğan, Orta Doğu Teknik Üniversitesi Mühendislik Fakültesi'nde lisans ve yüksek lisans eğitimi aldıktan sonra, 2010 yılında doktora tez çalışmaları sırasında hesaplamalı biyoloji ve biyoenformatik alanlarında araştırma yapmaya başlamıştır ve bu kapsamda gerçekleştirdiği çalışmalar ile multi-disipliner IYTE, Biyomühendislik doktora programından 2013 yılında mezun olmuştur. Dr. Doğan, İngiltere'de yer alan Cambridge Üniversitesi'nde ve Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü (EMBL-EBI), Protein Fonksiyon Geliştirme takımında 2013-2016 yılları arasında doktora sonrası araştırmacı olarak çalışmıştır. 2016-2019 yılları arasında aynı anda EMBL-EBI'da tecrübeli araştırmacı olarak ve ODTÜ Enformatik Enstitüsü'nde araştırma grup lideri ve konuk öğretim üyesi olarak hizmet vermiştir. Dr. Doğan 2019 yılından beri Hacettepe Üniversitesi Bilgisayar ve Yapay Zekâ Mühendisliği Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Biyoenformatik ve kemoenformatik alanlarındaki araştırmaları gen/protein fonksiyon tahmini ve hesaplamalı ilaç keşfi için veri bilimi, yapay zekâ ve makine öğrenmesi tabanlı hesaplamalı yöntemler geliştirmek ve uygulamak olarak özetlenebilir.