Konuşmacılar
Açıklama
Yaşam, biyomoleküllerin nano düzeydeki etkileşmeleri sonucunda ortaya çıkmıştır. Biyomoleküler etkileşimlerin nano (atomistik) düzeyde anlaşılması ile bir hastalık oluşurken nelerin yanlış gittiğinden, o hastalığı tedavi etmek için hangi ilaçların geliştirilmesi gerektiğine kadar kapsamlı bilgiler elde edilebilmektedir. Bu kavrayış, yapısal biyoloji ana bilim dalının doğmasına ve hızla gelişmesine ön ayak olmuştur. Son yıllarda yapısal biyoloji alanı, ondan daha hızlı büyüyen, genetik, biyokimya veya çeşitli ‘omik’ bilimlerinin veri üretme hızına yetişememektedir. Hesaplamalı yapısal biyoloji teknikleri, bütün bu bilim dallarının arasındaki üretim hızı farkını kapatmak için ortaya çıkmıştır. Bu teknikler sayesinde bilgisayar ortamında, biyomoleküllerin ve onların etkileşimlerinin atomistik seviyedeki yapılarını hızlı ve güvenilir bir şekilde tahmin etmek ve tanımlamak mümkün olmuştur. Sunumumda, bahsi geçen tekniklerinin Yüksek Başarımlı Hesaplama ortamındaki güncel uygulamalarından bahsedeceğim.
Konuşmacı: Ezgi Karaca, biyomoleküler modelleme ve moleküler dinamik konularında uzmanlaşmış bir hesaplamalı biyologdur. Dr. Karaca, lisansını (2006) ve yüksek lisansını (2008) Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü'nde tamamladı. Bu süre zarfında Prof. Dr. Türkan Haliloğlu ve Prof. Dr. Ruth Nussinov'un (NIH) danışmanlığında, p73'ün tümör baskılama ağı ve SUMO-etkitleme mekanizmaları üzerinde çalıştı. Ardından doktora için Prof. Dr. Alexandre Bonvin’in (Utrecht Üniversitesi) grubuna katıldı. Doktora tez çalışmasında deneysel verilerin, biyomoleküler komplekslerin modellenmesine entegre edilmesine odaklandı. Doktora araştırmaları, Dr. Karaca’ya enstitüsünde "Yılın doktora öğrencisi” ünvanını kazandırdı (2012). Sonrasında, doktora sonrası çalışmalarını Prof. Teresa Carlomagno (NMR) ve Dr. Orsolya Barabas’ın (X-ışını Kristalografisi) gruplarında, Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı’nda (EMBL) sürdürdü. EMBL’de, deneysel ve hesaplamalı tekniklerinin kesişim noktasında çalışarak, büyük protein-nükleik asit komplekslerinin yüksek çözünürlüklü yapılarını çözmek için araçlar geliştirdi (2013-2016). Dr. Karaca, Mayıs 2017'den beri İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi'nde ve Dokuz Eylül Üniversite’sinde hesaplamalı yapısal biyoloji alanında araştırmaları sürdürmektedir. Dr. Karaca, 2019 yılında EMBO yerleşim desteği almaya hak kazandı. 2020 yılında ise, 14. Critical Assessment of protein Structure Prediction (CASP) yarışmasında, Türkiye’den hakemlik yapan ilk araştırmacı oldu.