Konuşmacılar
Açıklama
Etkin ilaç tasarımı için öncelikle tasarlanacak ilacın, proteinin hangi yapısına ve bu yapının neresine ne şekilde bağlanması gerektiği bilinmelidir. Dolayısıyla, proteinin işlevini gerçekleştirirken aldığı yapılar, bu yapıların özellikleri ve yapılar arası geçiş mekanizmaları bilinmelidir. İlaç hedefi olan (veya olabilecek) proteinlerin işlevlerini gerçekleştirirken aldıkları yapılar hakkında deneysel bilgi genellikle bir veya birkaç yapıyla sınırlıdır veya hiç yoktur. Proteinleri fizyolojik şartlar altında ve gerçek zamanlı olarak bilgisayar ortamında modelleyebilen moleküler dinamik (MD) simülasyonları, ilaç alanı için devrim niteliğinde bir gelişme olmuştur. Newton’un hareket denklemlerinin sayısal çözümüne dayanan MD simülasyonlarıyla ilaç hedefi olabilecek yeni yapıların keşfi etkin ve hızlı şekilde mümkün olmuştur. Fakat, büyük protein sistemleri için MD simülasyonlarıyla biyolojik açıdan anlamlı zamanlara ulaşmak ve yapısal değişimler görmek standart süperbilgisayar ve yüksek başarımlı hesaplama kaynaklarıyla mümkün değildir. Bu sunumda, Tier-0 seviyesi olarak sınıflandırılan dünyanın en büyük yüksek başarımlı hesaplama merkezlerinde gerçekleştirdiğimiz MD simülasyonları sonucunda elde ettiğimiz1-4 protein hareketleri, yapıları ve etkileşimleri gibi çeşitli veriler sunulacaktır. Dinein motor proteini konusundaki çalışmalar Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE) tarafından, SARS-CoV-2 konusundaki çalışmalar ise ABD Beyaz Saray Bilim ve Teknoloji Politikası Ofisi, ABD Enerji Bakanlığı ve IBM ortaklığıyla oluşturulan COVID-19 HPC Consortium tarafından desteklenmiştir.
Kaynaklar:
1. Taka, E., Yilmaz, S. Z., Golcuk, M., Kilinc, C., Aktas, U., Yildiz, A., Gur, M. (2021). Critical interactions between the SARS-CoV-2 spike glycoprotein and the human ACE2 receptor. The Journal of Physical Chemistry B. (Yayınlanmak üzere kabul edildi.)
2. Golcuk, M., Hacisuleyman, A., Erman, B., Yildiz, A., Gur M. (2021). Binding mechanism of neutralizing Nanobodies targeting SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein. bioRxiv. (Ön baskı olarak bioRxiv’de)
3. Ferro, L., Eshun-Wilson, L., Golcuk, M., Fernandes, J., Huijben, T., Gerber, E., Jack, A., Costa, K., Gur, M., Fang, Q., Nogales, E. and Yildiz, A. (2020). The mechanism of motor inhibition by microtubule-associated proteins. bioRxiv. (Ön baskı olarak bioRxiv’de)
4. Gur, M., Taka, E., Yilmaz, S. Z., Kilinc, C., Aktas, U., Golcuk, M. (2020). Conformational transition of SARS-CoV-2 spike glycoprotein between its closed and open states. The Journal of Chemical Physics, 153(7), 075101.
Konuşmacı: Mert Gür 1983 yılında Hamburg (Almanya)’da doğdu. 2006 yılında ODTÜ Mühendislik Fakültesi Makina Mühendisliği Bölümü’nden mezun olup, 2010 senesinde Koç Üniversitesi Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik doktora programında doktora çalışmalarını tamamladı. Mezuniyetini takiben Amerika Birleşik Devletleri’nde Pittsburgh Üniversitesi (University of Pittsburgh) Tıp Fakültesi’ndeki Hesaplamalı Biyoloji ve Sistem Biyolojisi Bölümü’nde doktor araştırma görevlisi olarak çalışmaya başladı. 2012 senesinde bu görevine devam ederken ek olarak aynı üniversitenin Makina Mühendisliği ve Malzeme Bilimi Bölümü’nde öğretim görevlisi olarak ders verdi. 2014 senesinde UC Berkeley’deki Lawrence Berkeley National Laboratory’de (ABD) Yapay Fotosentez Merkezi’nde (Joint Center for Artificial Photosynthesis) doktor araştırma görevlisi olarak çalışmalara katıldı. Mert Gür 2015 senesinde İTÜ Makina Fakültesi’ne yardımcı doçent olarak atandı. 2016 senesinin yazında Pittsburgh Üniversitesi Tıp Fakültesi’ndeki Hesaplamalı Biyoloji ve Sistem Biyolojisi bölümünde 2 ay süreyle misafir bilim insanı olarak bulundu. 2017 senesinin yazında ise UC Berkeley'de Kimya Fakültesi’nde 3 ay süre ile misafir bilim insanı olarak bulunmuş ve akademik çalışmalar gerçekleştirmiştir. Mert Gür bugüne kadar toplamda 808 lisans öğrencisine Termodinamik, 148 lisans öğrencisine Termodinamik ve Isı İletimi, 296 lisans öğrencisine Mühendislik Biyolojisi, 40 lisans öğrencisine Uygulamalı Isı Geçişi ve 149 lisans öğrencisine Olasılık ve İstatistik dersi anlatmıştır. Bunlara ek olarak; YÖK Temel Bilimler Üstün Başarılılar Programı (TEBİP) ve ASELSAN Akademi Lisansüstü Eğitim Programı kapsamında lisans ve lisansüstü düzeyde dersler vermektedir. Mert Gür 2018 senesinde İTÜ Fen Bilimleri Enstitüsü müdür yardımcılığı, 2020 senesinde ise Makina Fakültesi Dekan yardımcılığı görevlerine başlamış olup her iki görevi de sürdürmektedir. 2019 senesinden itibaren Ulusal Yüksek Başarımlı Hesaplama Merkezi’nin (UHeM) danışma konseyi üyesi ve merkez müdürünün iş geliştirme danışmanı ve 2020 senesinden itibaren İTÜ Kritik ve Fonksiyonel Malzeme Teknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi yönetim kurulu üyesi olarak görev almaktadır. Mert Gür’ün Nature, Nature Communications, Journal of Chemical Physics, Journal of Physical Chemistry, EBioMedicine ve Biophysical Journal gibi prestijli uluslararası SCI indeksli dergilerde 21 yayını, ulusal dergide 1 yayını, 2 tam metinli konferans bildirisi ve 1 kitap bölümü mevcuttur. Yurt dışında katılmış olduğu proje sayısı 6 olup, İTÜ’de bulunduğu sürede UC Berkeley, University of Pittsburgh ve UC Davis ile işbirliği içerisinde gerçekleşen TÜBİTAK ve TÜBA destekli üç uluslararası projeyi başarıyla tamamlamıştır. Şu an TÜBİTAK destekli iki projenin (TÜBİTAK 1001 ve 1003, Çapa Tıp Fakültesi ve Ümraniye Devlet Hastanesi ile işbirliği), Avrupa Birliği destekli bir projenin (PRACE, UC Berkeley ve MRC ile işbirliği) ve ABD destekli iki projenin (COVID-19 HPC Consortium, UC Berkeley ile işbirliği) yürütücülüklerini yapmaktadır. Mert Gür 2016 yıllında Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) tarafından verilen Üstün Başarılı Genç Bilim İnsanı Ödüllünü (GEBİP) kazanmıştır. Mert Gür’ün çalışmaları Habertürk ve Milliyet gibi ulusal platformlarda ve “HPC wire” gibi uluslararası platformlarda 10’u aşkın sayıda haber yapılmıştır.