Moleküler Dinamik Simülasyon Çalışmalarının ABC’si

Sep 29, 2022, 9:30 AM → Sep 30, 2022, 5:00 PM Europe/Istanbul

Zoom

 

 

TÜBİTAK ULAKBİM ve İTÜ-UHEM iş birliği ile, 29-30 Eylül 2022 tarihinde düzenlenecek olan EuroCC@Türkiye Moleküler Dinamik Simülasyon Çalışmalarının ABC’si başlıklı çalıştayında aşağıda belirtilen konularda eğitim ve uygulamalar gerçekleştirilecektir:

• MD Simülasyonları Teorik Bilgi
• MD Simülasyon Yazılımları
• Örnek Çalışma: Protein Hazırlanması
• Örnek Çalışma: İlk Analiz/Olası hatalar
• Örnek Çalışma: Protein Minimizasyonu/Dengelenmesi Sonuç analizi/Olası hatalar
• Örnek Çalışma: MD Simülasyon Koşumu
• Örnek Çalışma: MD Simülasyon Sonuçlarının Analizi

Ön Koşul: Temel Düzey Linux ve Protein Kimyası Bilgisi

---

NOT: 

* Katılımcılara çalıştay sonunda herhangi bir katılım belgesi veya sertifika verilmeyecektir.

*Komut dosyaları ve output dosya örneklerine aşağıda yer alan "materials" kısmından erişebilirsiniz.

Etkinlik videosunu izlemek için tıklayınız. 

 

---

EuroCC ve TRUBA Sosyal Medya Linkleri

Twitter:

https://twitter.com/EuroCC_Turkey

https://twitter.com/TrubaUlakbim

LinkedIN:

https://www.linkedin.com/company/eurocc-turkey

https://www.linkedin.com/company/truba

Aylin Sungur_Gun1.pdf

Aylin Sungur_Gun2.pdf

Bulent balta komut dosyalari.tar

Thursday, September 29

9:30 AM → 10:20 AM MD Simülasyonları Teorik Bilgi

Speaker: Prof. Fethiye Aylin Sungur (İstanbul Teknik Üniversitesi)

10:20 AM → 10:30 AM Ara

10:30 AM → 12:00 PM MD Simülasyon Yazılımları

Speaker: Prof. Fethiye Aylin Sungur (İstanbul Teknik Üniversitesi)

12:00 PM → 1:00 PM Öğle Arası

1:00 PM → 2:30 PM UHeM Tanıtımı

Speaker: Dr Kadir Diri (İTÜ UHeM)

2:30 PM → 4:00 PM Örnek Çalışma:Protein Hazırlanması

Speaker: Dr Bülent Balta (İstanbul Teknik Üniversitesi)

4:00 PM → 5:15 PM Örnek Çalışma: İlk Analiz/Olası hatalar

Speaker: Dr Bülent Balta (İstanbul Teknik Üniversitesi)

Friday, September 30

9:30 AM → 10:45 AM Örnek Çalışma:Protein Minimizasyonu/Dengelenmesi Sonuç analizi/Olası hatalar

Speakers: Prof. Fethiye Aylin Sungur (İstanbul Teknik Üniversitesi) , Dr Bülent Balta (İstanbul Teknik Üniversitesi)

10:45 AM → 11:00 AM Ara

11:00 AM → 12:15 PM Örnek Çalışma: MD Simülasyon Koşumu

Speakers: Dr Bülent Balta (İstanbul Teknik Üniversitesi) , Prof. Fethiye Aylin Sungur (İstanbul Teknik Üniversitesi)

12:15 PM → 1:30 PM Öğle Arası

1:30 PM → 3:15 PM Örnek Çalışma: MD Simülasyon Sonuçlarının Analizi

Speakers: Prof. Fethiye Aylin Sungur (İstanbul Teknik Üniversitesi) , Dr Bülent Balta (İstanbul Teknik Üniversitesi)

3:15 PM → 3:30 PM Ara

3:30 PM → 5:00 PM Soru-Cevap

Speakers: Dr Bülent Balta (İstanbul Teknik Üniversitesi) , Prof. Fethiye Aylin Sungur (İstanbul Teknik Üniversitesi)