Toplantıyı düzenleyenler
Snakemake ve Conda Kullanılarak Otomatik Veri Analizi: Snakemake ve Conda Kullanılarak Otomatik Veri Analizi
- Emrah Akkoyun (TÜBİTAK ULAKBİM)
Açıklama
Uygulama kısmında, YBH üzerinde aynı anda on binlerce işin ve her bir iş için gerekli alt hesaplamalarının iş akışı yönetim sistemi (Snakemake) kullanılarak nasıl yapılacağı gösterilecektir. Slurm için hazırlanan betik dosyalarının, yüksek sayıda birbirine bağlı işlerde getirdiği zorluklar, bu zorluklara getirilen çözümler, conda paket yöneticisi ile koşturulacak işler için gerekli yazılım/araçların hazırlanması, tekrar hesaplamanın önüne geçilmesi, izleme ve sorun bulma gibi tecrübeler örnekler üzerinden paylaşılacaktır.
Konuşmacı: Emrah Akkoyun, lisans derecesini Dokuz Eylül Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nden almış, akabinde Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü Tıp Bilişimi Bölümü'nden yüksek lisans ve doktora derecesini edinmiştir. Veri modelleme, örüntü tanıma alanlarında doktora çalışmasını yapıp Abdominal Aort Anevrizmalarının Risk Modellemesi üzerine doktora tezini tamamlamıştır. National Institute of Health (NIH) bursu almaya hak kazanmış, Michigan State Üniversitesi'ne ziyaretçi araştırmacı olarak başladığı biyomekanik modellerde veri analizi üzerine çalışmalarına devam etmektedir. 2021 yılı başında doktora sonrası araştırmacı olarak başladığı Sabancı Üniversitesi, Adebali Lab'da yüksek başarımlı hesapların gerçekleşmesinde görev almaktadır. Dr. Akkoyun, akademik çalışmaları yanında Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama konusunda 2007 yılında başladığı TÜBİTAK-ULAKBİM'de şimdi başuzman araştırmacı olarak bulut bilişimi üzerine çalışmalarına devam etmektedir.