Focus on:  Hide Contributions
Login

Yüksek Başarımlı Hesaplama Kümelerinde İş Akışı Yöneticisi Kullanma

→ Europe/Istanbul
Zoom

Zoom
Description

EuroCC Seminerleri kapsamında Yüksek Başarımlı Hesaplama kullanımını yaygınlaştırmak amacıyla kolokyumlar düzenlenmektedir.

Proje hakkında bilgi için EuroCC sayfamızı ziyaret edin.

  • Seminerler Zoom üzerinden online olarak gerçekleştirilecektir.
  • Soru sorarken, lütfen önce isminizi söyleyin.
  • Yazılı olarak yönlendireceginiz teknik sorularınızda Q&A kısmını yorumlarınız için ise chat kısmını kullanın.
Contact
    • 1
      Yüksek Başarımlı Hesaplama Kümelerinde İş Akışı Yöneticisi Kullanma

      İş akışı yönetim sistemleri, tekrarlanabilir ve ölçeklenebilir veri analizleri gerçekleştirmek için kullanılan araçlardır. Ardışık hesaplama işleri, bir girdinin birden çok iş için kullanılması, işler arasındaki bağımlılıklar gönderilecek işler bütününün karmaşık bir ağa dönüşmesine neden olmaktadır. Bu karmaşık iş akışlarının takip edilmesi, tekrarlanması, değiştirilmesi zor bir hale gelebilmektedir. Ayrıca, YBH sistemlerinde istenilecek hesaplama kaynağının her bir iş için bağımsız talep edilmesi YBH kaynaklarının verimli kullanılmasını ve işlerin daha hızlı sonlandırılmasını sağlayacaktır. Bu konuşmada söz konusu karmaşık iş akışları ile kolayca başa çıkabilmek için tasarlanmış iş akışı yönetim sistemlerinin YBH kümelerine adapte edilmesinden ve bu kullanımın veri analizine nasıl tekrarlanabilir ve ölçeklendirilebilir boyut katacağından bahsedilecektir.

      Konuşmacı: Ogün Adebali, lisans derecesini Orta Doğu Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nden almış ve doktora çalışmalarını Tennessee Üniversitesi, Genom Bilimi ve Teknolojisi programı çerçevesinde sürdürmüş, evrimsel biyoenformatik alanında çalışmalar yapmıştır. Oak Ridge Ulusal Laboratuvarı’nda moleküler sinyal iletimi konusunda ve Kuzey Karolina Üniversitesi’nde DNA onarımı konusunda doktora sonrası çalışmalarını gerçekleştirmiştir. Dr. Adebali, 2018 yılından bu yana Sabancı Üniversitesi’nde Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyomühendislik Programı’nda öğretim üyesi olarak çalışmalarını sürdürmektedir. Dr. Adebali, hesaplamalı genomik, moleküler evrim, nadir hastalıklar, DNA hasarı ve onarımı konularında projeler yürütmektedir. 2018’de EMBO kurulum desteği almaya, 2020 yılında ise TÜBİTAK’ın Uluslararası Lider Araştırmacılar Programı çerçevesinde destek almaya hak kazanmıştır. 2019 yılında Bilim Akademisi Genç Bilim İnsanları Programı (BAGEP) Burs Ödülü‘ne layık görülmüştür

      Speaker: Dr Ogün Adebali (Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi)
      Video
    • Snakemake ve Conda Kullanılarak Otomatik Veri Analizi

      Uygulama kısmında, YBH üzerinde aynı anda on binlerce işin ve her bir iş için gerekli alt hesaplamalarının iş akışı yönetim sistemi (Snakemake) kullanılarak nasıl yapılacağı gösterilecektir. Slurm için hazırlanan betik dosyalarının, yüksek sayıda birbirine bağlı işlerde getirdiği zorluklar, bu zorluklara getirilen çözümler, conda paket yöneticisi ile koşturulacak işler için gerekli yazılım/araçların hazırlanması, tekrar hesaplamanın önüne geçilmesi, izleme ve sorun bulma gibi tecrübeler örnekler üzerinden paylaşılacaktır.

      Konuşmacı: Emrah Akkoyun, lisans derecesini Dokuz Eylül Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nden almış, akabinde Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü Tıp Bilişimi Bölümü'nden yüksek lisans ve doktora derecesini edinmiştir. Veri modelleme, örüntü tanıma alanlarında doktora çalışmasını yapıp Abdominal Aort Anevrizmalarının Risk Modellemesi üzerine doktora tezini tamamlamıştır. National Institute of Health (NIH) bursu almaya hak kazanmış, Michigan State Üniversitesi'ne ziyaretçi araştırmacı olarak başladığı biyomekanik modellerde veri analizi üzerine çalışmalarına devam etmektedir. 2021 yılı başında doktora sonrası araştırmacı olarak başladığı Sabancı Üniversitesi, Adebali Lab'da yüksek başarımlı hesapların gerçekleşmesinde görev almaktadır. Dr. Akkoyun, akademik çalışmaları yanında Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama konusunda 2007 yılında başladığı TÜBİTAK-ULAKBİM'de şimdi başuzman araştırmacı olarak bulut bilişimi üzerine çalışmalarına devam etmektedir.

      Convener: Dr Emrah Akkoyun (TÜBİTAK ULAKBİM)
      Emrah_Akkoyun.pdf
      Snakemake GitHub Dokümantasyon
      Snakemake Kılavuzu