Hesaplamalı Biyokimya Alanında Yüksek Başarımlı Hesaplama Kullanımı

Thursday Apr 1, 2021, 2:00 PM → 4:00 PM Europe/Istanbul

Zoom

EuroCC Seminerleri kapsamında Yüksek Başarımlı Hesaplama kullanımını yaygınlaştırmak amacıyla kolokyumlar düzenlenmektedir.

Proje hakkında bilgi için EuroCC sayfamızı ziyaret edin.

• Seminerler Zoom üzerinden online olarak gerçekleştirilecektir.

NOT: Seminer için zoom linki sunum günü buradan ilan edilecektir. Zoom'a kayıt olurken lütfen gerçek ad ve soyadınızı kullanın.

• Soru sorarken, lütfen önce isminizi söyleyin.
• Yazılı olarak yönlendireceginiz teknik sorularınızda Q&A kısmını yorumlarınız için ise chat kısmını kullanın.

Mehmet Ozbil.pdf

Video

2:00 PM → 2:50 PM Hesaplamalı Biyokimya Alanında Yüksek Başarımlı Hesaplama Kullanımı

Bu seminer, kuantum mekanik hesaplamalar, moleküler dinamik ve moleküler yanaşma simülasyonları, sanal ilaç tarama gibi farklı hesapsal biyokimya tekniklerinin uygulama alanlarından bir kesit sunacaktır. Bu kesitte protein parçalayan enzimlerin substrat seçiciliklerinin incelenmesi, mutasyonların protein yapılarına olan etkilerinin aydınlatılması, proteinlerin çalışma mekanizmalarının aydınlatılması ve bunların çalışmalarını düzenleyecek ilaç moleküllerinin dizaynı, nörolojik hastalıklara neden olan küçük proteinlerin kendi kendilerine oligomerleşmesini inhibe edecek moleküllerin dizaynı, hücrede iyon kanalı olarak görev alan proteinlerin mekanizmalarının aydınlatılıp bunları inhibe edecek küçük moleküllerin dizaynı, yeni nesil antibiyotik üretimi için etken ilaç molekülleri taşıyıcısı hidrojellerin reseptörler tarafından tanınmasını sağlayacak peptit dizilerinin dizaynı gibi pek çok farklı alanda çalışmalar bulacaksınız.

Speaker: Dr Mehmet Özbil (Gebze Teknik Üniversitesi)

2:50 PM → 3:00 PM ARA

3:00 PM → 3:30 PM TRUBA'da Moleküler Dinamik Simülasyonlarının Yürütülmesi ve Analizi

Seminerin sonunda biyoinformatik araçların Alzheimer’dan menenjite, viral enfeksiyonlardan diyabete kadar bir çok hastalığın temelindeki soruları nasıl araştırdığı ve bunları yaparken yüksek başarımlı hesaplama sağlayacısı TRUBA'dan nasıl faydalanıldığı anlatılacaktır.

Speaker: Dr Mehmet Özbil (Gebze Teknik Üniversitesi)

em.mdp

md.mdp

npt.mdp

nvt.mdp

test.pdb