Hesaplamalı Biyokimya Alanında Yüksek Başarımlı Hesaplama Kullanımı

• Mehmet Özbil (Gebze Teknik Üniversitesi)

Bu seminer, kuantum mekanik hesaplamalar, moleküler dinamik ve moleküler yanaşma simülasyonları, sanal ilaç tarama gibi farklı hesapsal biyokimya tekniklerinin uygulama alanlarından bir kesit sunacaktır. Bu kesitte protein parçalayan enzimlerin substrat seçiciliklerinin incelenmesi, mutasyonların protein yapılarına olan etkilerinin aydınlatılması, proteinlerin çalışma mekanizmalarının aydınlatılması ve bunların çalışmalarını düzenleyecek ilaç moleküllerinin dizaynı, nörolojik hastalıklara neden olan küçük proteinlerin kendi kendilerine oligomerleşmesini inhibe edecek moleküllerin dizaynı, hücrede iyon kanalı olarak görev alan proteinlerin mekanizmalarının aydınlatılıp bunları inhibe edecek küçük moleküllerin dizaynı, yeni nesil antibiyotik üretimi için etken ilaç molekülleri taşıyıcısı hidrojellerin reseptörler tarafından tanınmasını sağlayacak peptit dizilerinin dizaynı gibi pek çok farklı alanda çalışmalar bulacaksınız.

TRUBA'da Moleküler Dinamik Simülasyonlarının Yürütülmesi ve Analizi

• Mehmet Özbil (Gebze Teknik Üniversitesi)

Seminerin sonunda biyoinformatik araçların Alzheimer’dan menenjite, viral enfeksiyonlardan diyabete kadar bir çok hastalığın temelindeki soruları nasıl araştırdığı ve bunları yaparken yüksek başarımlı hesaplama sağlayacısı TRUBA'dan nasıl faydalanıldığı anlatılacaktır.